法律分析：员工通过电子邮件、微信、手机短信提出辞职是使用书面形式提出的辞职，可以认定员工具有辞职的意思表示，因此，员工通过电子邮件、微信、手机短信提出辞职属于使用书面形式提出的辞职，是有效的。
法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》 第三十七条 劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。