在保护网络文化经营许可证的合法权益方面，管理者可以采取以下措施：
合规经营：管理者在经营网络文化业务时，要严格遵守相关法律法规，确保持有有效的网络文化经营许可证，不得擅自经营未经许可的网络文化产品或服务。
加强内部管理：建立健全内部管理制度，确保员工了解并遵守相关规定，防止违规操作导致网络文化经营许可证权益受损。
定期更新许可证：及时了解相关法规的变化，确保网络文化经营许可证的有效性，避免因过期或失效而导致的经营风险。
合理运营业务：在经营网络文化业务时，要遵循市场规律，合理竞争，避免出现价格欺诈、虚假宣传等违规行为，维护行业良性竞争环境。
案例分析：某网络文化公司在经营过程中，由于未及时更新网络文化经营许可证，导致许可证失效，被相关监管部门处罚。公司随后加强了内部管理，建立了许可证更新提醒机制，确保许可证的有效性，避免了类似问题再次发生。
综上所述，管理者在保护网络文化经营许可证的合法权益时，需要合规经营、加强内部管理、定期更新许可证、合理运营业务等措施，以确保企业的经营权益不受损害。